1950 wurde er als Direktor der Haut- und Poliklinik an die Maximiliansuniversität München berufen. Der wissenschaftliche Wert der von ihm geleiteten Dermatologenschule lässt sich an der Berufung zahlreicher, ehemaliger Studenten auf Lehrstühle und Chefarztpositionen an renommierten Universitäten und Kliniken ermessen.
In diese Zeit fallen auch von Marchionini initiierte, wegweisende Publikationen wie das Handbuch der Haut- und Geschlechtskrankheiten nach J. Jadassohn sowie die Fachzeitschrift „Der Hautarzt“.
Die Wahl zum Präsidenten des Internationalen Kongresses für Dermatologie im Jahre 1962 sowie die Ernennung zum Ritter der französischen Ehrenlegion bewiesen eindrucksvoll seine besonderen Verdienste um die Völkerverständigung sowie seine herausragende Bedeutung im weltweiten Kollegium.

Mit seinen Errungenschaften für die Dermatologie und dem ausgeprägten Gespür für die verbindenden sozialen und kulturellen Aspekte seines Wirkens leistete Alfred Marchionini einen entscheidenden Beitrag dazu, dass Deutschland mit seiner schweren, geschichtlichen Verantwortung nach dem 2. Weltkrieg auch auf medizinisch-wissenschaftlichem Gebiet wieder Aufnahme im Kreis der Völkergemeinschaft fand.

Alfred Marchionini starb am 6.4. 1965 an Leukämie in München.